Margot Loyola desde 1949 a 1963, invitada por el entonces rector de la Universidad Juvenal Hernández, se desempeñó como profesora de la Escuela de Temporada de la Universidad de Chile en diferentes regiones del país. Realizó esta labor durante 14 años capacitando a cientos de profesores, en Santiago y diversas regiones del país, en el canto y la danza del folklore criollo más representativo del Chile mestizo.
Desde 1972 es académica de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, primera Universidad que la acogió en status de académica, dictando la asignatura de folklore para Educación Musical, Licenciatura en Ciencias y Artes Musicales y Educación Física. Y el Curso General de Danzas.
Margot Loyola comenta que al llegar a la Universidad… “iba con mucho miedo porque mis alumnos serían personas con una sólida formación musical. El primer día de clases les dije a mis alumnos: "Tengo mucho miedo y necesito que ustedes me orienten". Entonces, ellos me ayudaron y orientaron. Me hicieron preguntas sobre diversos géneros tradicionales, parámetros estilísticos y posibles variantes. Así comencé a descubrir, por ejemplo, todas las variantes de tonadas. Yo estoy muy agradecida de ellos porque en este plano, a mí me han hecho mis alumnos.”
En 1974 Margot funda en la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso el Primer Conjunto Folklórico Universitario de Chile, el cual desde esa fecha ha sido dirigido por ella y el profesor Osvaldo Cádiz.
El año 1998 recibe el título de Profesor Emérito de la Universidad Católica de Valparaíso. Ese mismo año la Universidad creó el Fondo de Investigación y Documentación de la Música Tradicional Chilena Margot Loyola Palacios, con el fin de preservar y proyectar al futuro la tarea de descubrir a través de la música, las múltiples identidades que se funden en Chile.
La envergadura de la labor docente de Margot Loyola deja una huella profunda en la educación musical del país. Su incorporación a los procesos formativos de los educadores musicales se divide en dos grandes áreas: la extensión y la formación docente de pregrado en la enseñanza universitaria.
Texto basado en la investigación del Dr. Carlos Miró Cortés.

“Creo que cuando llegué a la universidad, para poder enseñar, empecé a pensar en lo que vi, lo que oí y lo que estaba viviendo. Iba yo enseñando y a la vez aprendiendo de mis discípulos. Entonces primero era la emoción, porque soy una empírica. En el canto y en todo esto, soy primero campesina. De la tierra traigo yo la fuerza, del paisaje, de los árboles. Estoy llena de paisajes por dentro, llena de rostros campesinos”.
(Margot Loyola. Santiago 2006)